Пакет: ariba (2.14.7+ds-2 и другие) [debports]

[ Источник:  ]

Antibiotic Resistance Identification By Assembly

ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.

Другие пакеты, относящиеся к ariba

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• dep: fastaq

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libfml0 (>= 0.1)

  library for assembling Illumina short reads in small regions

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libminimap0 (>= 0.2)

  library for approximate mapping of long biosequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: mash

  fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-bs4 (>= 4.1.0)

  error-tolerant HTML parser for Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python3-pymummer

  Python 3 interface to MUMmer

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-tk

  Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• sug: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

Загрузка ariba

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.14.7+ds-2+b1	1 908,5 Кб	20 532,0 Кб	[список файлов]