Пакет: parsnp (1.2+dfsg-5)

[ Источник: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Другие пакеты, относящиеся к parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: libc6 (>= 2.27)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: python-numpy

  быстрые методы работы с числовыми массивами – модуль для языка Python

• rec: python-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 2)

Загрузка parsnp

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
i386	518,4 Кб	920,0 Кб	[список файлов]