Пакет: fastml (3.11-3)

[ Источник: fastml  ]

maximum likelihood ancestral amino-acid sequence reconstruction

FastML is a bioinformatics tool for the reconstruction of ancestral sequences based on the phylogenetic relations between homologous sequences. FastML runs several algorithms that reconstruct the ancestral sequences with emphasis on an accurate reconstruction of both indels and characters. For character reconstruction the previously described FastML algorithms are used to efficiently infer the most likely ancestral sequences for each internal node of the tree. Both joint and the marginal reconstructions are provided. For indels reconstruction the sequences are first coded according to the indel events detected within the multiple sequence alignment (MSA) and then a state-of-the-art likelihood model is used to reconstruct ancestral indels states. The results are the most probable sequences, together with posterior probabilities for each character and indel at each sequence position for each internal node of the tree. FastML is generic and is applicable for any type of molecular sequences (nucleotide, protein, or codon sequences).

Другие пакеты, относящиеся к fastml

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, ppc64el]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка fastml

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	902,9 Кб	3 394,0 Кб	[список файлов]
arm64	761,7 Кб	3 050,0 Кб	[список файлов]
armel	739,4 Кб	3 071,0 Кб	[список файлов]
armhf	745,1 Кб	2 115,0 Кб	[список файлов]
i386	931,6 Кб	3 543,0 Кб	[список файлов]
mips64el	761,8 Кб	4 037,0 Кб	[список файлов]
mipsel	777,2 Кб	3 976,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	871,4 Кб	3 994,0 Кб	[список файлов]
s390x	755,3 Кб	3 442,0 Кб	[список файлов]