Пакет: e-mem (1.0.1-4)

[ Источник: e-mem  ]

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

E-MEM enables efficient computation of Maximal Exact Matches (MEMs) that does not use full text indexes. The algorithm uses much less space and is highly amenable to parallelization. It can compute all MEMs of minimum length 100 between the whole human and mouse genomes on a 12 core machine in 10 min and 2 GB of memory; the required memory can be as low as 600 MB. It can run efficiently genomes of any size. Extensive testing and comparison with currently best algorithms is provided.

Mummer has many different scripts where one of the key program is MEM computation. In all the scripts, the MEM computation program can be replaced with e-mem with ease for better performance.

Другие пакеты, относящиеся к e-mem

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [не amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf, i386, mipsel]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• enh: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

Загрузка e-mem

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	34,1 Кб	106,0 Кб	[список файлов]
arm64	30,9 Кб	94,0 Кб	[список файлов]
armel	33,9 Кб	101,0 Кб	[список файлов]
armhf	33,5 Кб	81,0 Кб	[список файлов]
i386	40,2 Кб	117,0 Кб	[список файлов]
mips64el	33,6 Кб	117,0 Кб	[список файлов]
mipsel	40,9 Кб	120,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	34,4 Кб	162,0 Кб	[список файлов]
s390x	31,5 Кб	102,0 Кб	[список файлов]