パッケージ: e-mem (1.0.1-4)

[ ソース: e-mem  ]

Efficient computation of Maximal Exact Matches for very large genomes

E-MEM enables efficient computation of Maximal Exact Matches (MEMs) that does not use full text indexes. The algorithm uses much less space and is highly amenable to parallelization. It can compute all MEMs of minimum length 100 between the whole human and mouse genomes on a 12 core machine in 10 min and 2 GB of memory; the required memory can be as low as 600 MB. It can run efficiently genomes of any size. Extensive testing and comparison with currently best algorithms is provided.

Mummer has many different scripts where one of the key program is MEM computation. In all the scripts, the MEM computation program can be replaced with e-mem with ease for better performance.

その他の e-mem 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, arm64, ppc64el 以外]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, i386, mipsel 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• enh: mummer

  遺伝子全体の効率的な配列アライメント

e-mem のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	34.1 kB	106.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	30.9 kB	94.0 kB	[ファイル一覧]
armel	33.9 kB	101.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	33.5 kB	81.0 kB	[ファイル一覧]
i386	40.2 kB	117.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	33.6 kB	117.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	40.9 kB	120.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	34.4 kB	162.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	31.5 kB	102.0 kB	[ファイル一覧]