Pakiet: tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-9)

[ Pakiet źródłowy: tree-puzzle  ]

Paralelizowana rekonstrukcja drzew filogenetycznych metodą maksymalnego prawdopodobieństwa

TREE-PUZZLE (nowa nazwa dla programu PUZZLE) to interaktywny program konsolowy, który implementuje algorytm (quartet puzzling) do szybkiego przeszukiwania drzew, umożliwiający analizę dużych zbiorów danych i automatycznie przypisujący estymacje wsparcia do każdej wewnętrznej gałęzi. TREE-PUZZLE oblicza również maksymalne prawdopodobieństwo oddalenia par oraz długości gałęzi dla drzew określonych przez użytkownika. Długość gałęzi można również obliczyć, przyjmując założenia zegara. Ponadto TREE-PUZZLE oferuje nowatorską metodę mapowania prawdopodobieństwa, która pozwala na zbadanie wsparcia hipotetycznej gałęzi wewnętrznej bez konieczności obliczania całego drzewa oraz na wizualizację zawartości filogenetycznej dopasowania sekwencji.

Jest to równoległa wersja układanki typu tree-puzzle.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing, Obsługa formatu: Czysty tekst, Działa z: Wymaga dodatkowego znacznika

Inne pakiety związane z tree-ppuzzle

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.2)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Pakiet niedostępny

Pobieranie tree-ppuzzle

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	183,0 KiB	437,0 KiB	[lista plików]
arm64	170,2 KiB	416,0 KiB	[lista plików]
armel	173,9 KiB	444,0 KiB	[lista plików]
armhf	165,2 KiB	324,0 KiB	[lista plików]
i386	194,1 KiB	532,0 KiB	[lista plików]
mips64el	182,0 KiB	515,0 KiB	[lista plików]
mipsel	181,9 KiB	491,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	192,5 KiB	557,0 KiB	[lista plików]
s390x	169,1 KiB	452,0 KiB	[lista plików]