Пакет: kissplice (2.6.2-2)

[ Источник: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Другие пакеты, относящиеся к kissplice

• dep: bcalm

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка kissplice

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	484,5 Кб	1 191,0 Кб	[список файлов]
arm64	472,5 Кб	1 371,0 Кб	[список файлов]
mips64el	480,2 Кб	1 467,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	491,3 Кб	1 435,0 Кб	[список файлов]