Alinhamento eficiente de sequências de genomas completos
MUMmer é um sistema para alinhamento rápido de genomas completos, seja em
forma completa ou rascunho. Por exemplo, O MUMmer 3.0 consegue encontrar
todas as base-par-20 ou equivalências exactas mais longas entre um par de
genomas base-mega-5 em 13.7 segundos, usando 78MB de memória, num
computador com ambiente de trabalho Linux a 2.4Ghz. O MUMmer também
consegue alinhar genomas incompletos; lida com os 100s ou 1000s de
'contigs' a partir dum projecto de sequência dupla paralela (shotgun) com
facilidade, e irá alinhá-los com outro conjunto de 'contigs' ou um genoma
usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se as espécies forem
muito divergentes para que o alinhamento de sequência DNA detecte
semelhanças, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados nas
translações do sexto-quadro de ambas as sequências inseridas.
