Package: mummer (3.23+dfsg-7)

[ Source: mummer  ]

Alinhamento eficiente de sequências de genomas completos

MUMmer é um sistema para alinhamento rápido de genomas completos, seja em forma completa ou rascunho. Por exemplo, O MUMmer 3.0 consegue encontrar todas as base-par-20 ou equivalências exactas mais longas entre um par de genomas base-mega-5 em 13.7 segundos, usando 78MB de memória, num computador com ambiente de trabalho Linux a 2.4Ghz. O MUMmer também consegue alinhar genomas incompletos; lida com os 100s ou 1000s de 'contigs' a partir dum projecto de sequência dupla paralela (shotgun) com facilidade, e irá alinhá-los com outro conjunto de 'contigs' ou um genoma usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se as espécies forem muito divergentes para que o alinhamento de sequência DNA detecte semelhanças, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados nas translações do sexto-quadro de ambas as sequências inseridas.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

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