Package: sim4 (0.0.20121010-8) [debports]

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Instrumento para alinhar cDNA e DNA genómico

sim4 é um instrumento baseado em similaridades para alinhar uma sequência de DNA expressa (EST, cDNA, mRNA), com uma sequência genómica para o gene. Além disso, detecta correspondências finais quando as duas sequências inseridas se sobrepõem em um final (ou seja, o início de uma sequência sobrepõe o final de outra).

sim4 emprega uma técnica baseada no BLAST para determinar a correspondência básica de blocos que representam os "núcleos exon". Nesta primeira fase, ele detecta todos as eventuais correspondências exactas de W-mers (ou seja, palavras de DNA de tamanho W) entre as duas sequências e estende-as até à pontuação máxima de segmentos livres de lacunas. Na segunda etapa, os núcleos exon são estendidos para fragmentos adjacentes ainda não igualados usando algoritmos de alinhamento ganânciosos, e são usadas heurísticas para favorecer configurações que estejam em conformidade com o reconhecimento sinais 'splice-site' (GT-AG,CT-AC). Se necessário, o processo é repetido com parâmetros menos rigorosos sobre os fragmentos inigualáveis.

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