Package: sim4 (0.0.20121010-8) [debports]

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Herramienta para alinear cADN y ADN genómico

sim4 es un herramienta basada en la similitud para alinear una secuencia de ADN expresada (EST, cDNA, mRNA) con una secuencia genómica para dicho gen. También detecta en final de los emparejamientos cuando las dos secuencias de entrada se solapan en un extremo (por ejemplo, el comienzo de una secuencia se solapa con el final de otra).

sim4 emplea una técnica basada en «blast» para determinar en primer lugar los bloques de emparejamiento básicos representando los exones principales. En esta primera fase, detecta todos los posibles emparejamientos de W-meros (por ejemplo, palabras de ADN de un tamaño W) entre las dos secuencias y las extiende al segmento de máxima puntuación sin huecos en la secuencia. En una segunda fase, los exones principales se extienden hacia los fragmentos adyacentes todavía sin emparejar usando un algoritmo de alineamiento codicioso y emplea heurísticas para favorecer configuraciones que sigan las señales de reconocimiento «splice-site» (GT-AG, CT-AC). Si es necesario, el proceso se repite usando unos parámetros menos estrictos sobre los fragmentos sin emparejar.

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