Programa de múltiplos alinhamentos para amino ácidos ou sequências nucleotídeas
MAFFT é um programa de alinhamento de múltiplas sequências que oferece
três métodos orientados a precisão:
* L-INS-i (provavelmente o mais preciso; recomendado para <200
sequências;
método de refinação iterativo incorporando informação de alinhamento
pairwise),
* G-INS-i (apropriado para sequências de comprimentos semelhantes;
recomendado para <200 sequências; método de reginação iteractivo
incorporando informação de alinhamento pairwise),
* E-INS-i (apropriado para sequências que contếm grandes secções não
alinháveis, recomendado para <200 sequências),
e cinco métodos orientados à velocidade:
* FFT-NS-i ⁽método de refinação iterativo; apenas dois ciclos),
* FFT-NS-i (método de refinação iterativo; máximo 1000 iterações),
* FFT-NS-2 (rápido, método progressivo),
* FFT-NS-1 (muito rápido, recomendado para >2000 sequências; método
progressivo com uma árvore de guia rude),
* NW-NS-PartTree-1 (recomendado para ~50,000 sequências; método
progressivo com o algoritmo PartTree).
