Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
MAFFT ist ein Programm für multiples Alignment, das drei auf Genauigkeit
ausgerichtete Methoden bietet:
* L-INS-i (wahrscheinlich am genauesten; empfohlen für < 200 Sequenzen;
iterative Verfeinerung unter Verwendung lokaler paarweiser Alignments),
* G-INS-i (geeignet für Sequenzen ähnlicher Längen; empfohlen für < 200
Sequenzen; iterative Verfeinerung unter Verwendung globaler paarweiser
Alignments),
* E-INS-i (geeignet für Sequenzen mit großen, nicht abgleichbaren
Regionen; empfohlen für < 200 Sequenzen).
Auch fünf geschwindigkeitsoptimierte Methoden sind enthalten:
* FFT-NS-i (iterative Verfeinerung,nur zwei Zyklen),
* FFT-NS-i (iterative Verfeinerung, max. 1000 Iterationen),
* FFT-NS-2 (schnelle, progressive Methode),
* FFT-NS-1 (sehr schnell; empfohlen für > 2000 Sequenzen; progressive
Methode mit einem groben Führungsbaum),
* NW-NS-PartTree-1 (empfohlen für ~ 50.000 Sequenzen; progressive
Methode unter Verwendung des PartTree-Algorithmus).
