Pacote: mummer (3.23+dfsg-8 e outros)

[ Fonte: mummer  ]

alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos

O MUMmer é um sistema para rapidamente alinhar genomas inteiros, seja na forma completa ou rascunho ("draft"). Por exemplo, o MUMmer 3.0 pode encontrar todos os pares de base 20 ("20-basepair") ou combinações mais longas entre um par de 5-megabase de genomas em 13,7 segundos, usando 78 MB de memória, em uma estação de trabalho Linux 2.4 GHz. O MUMmer também pode alinhas genomas incompletos; ele lida com 100s ou 1000s de "contigs" a partir de um projeto de seqüenciamento "shotgun" com facilidade, e os alinhará para outro conjunto de "contigs" ou um genoma usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se a espécie for muito divergente do alinhamento da seqüência de DNA para detectar similaridade, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados em até transições de seis-quadros ("six-frame") de ambas as seqüências de entrada.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, interface::commandline, Função: Programa, Alcance: Utilitários, Propósito: use::comparing, works-with-format::TODO, Suporta o formato: Texto puro, Funciona com: Precisa de uma etiqueta extra

Outros pacotes relacionados a mummer

• dep: gawk

  awk GNU, linguagem de varredura de padrões e processamento

• dep: libc6 (>= 2.34) [não arm64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não armel, armhf, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11) [não arm64, riscv64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

Download de mummer

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	3.23+dfsg-8	646.2 kB	3,307.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	3.23+dfsg-8+b1	628.2 kB	3,827.0 kB	[lista de arquivos]
armel	3.23+dfsg-8	616.5 kB	3,745.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	3.23+dfsg-8	612.8 kB	3,361.0 kB	[lista de arquivos]
i386	3.23+dfsg-8	653.4 kB	3,297.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	3.23+dfsg-8	651.6 kB	4,009.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	3.23+dfsg-8	655.8 kB	4,019.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	3.23+dfsg-8+b1	648.4 kB	3,067.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	3.23+dfsg-8	622.6 kB	3,286.0 kB	[lista de arquivos]