Pacote: yaha (0.1.83-3 e outros)

[ Fonte: yaha  ]

find split-read mappings on single-end queries

yaha is an open source, flexible, sensitive and accurate DNA aligner designed for single-end reads. It supports three major modes of operation:

 * The default “Optimal Query Coverage” (-OQC) mode reports the
   best set of alignments that cover the length of each query.
 * Using “Filter By Similarity” (-FBS), along with the best set of
   alignments, yaha will also output alignments that are highly similar
   to an alignment in the best set.
 * Finally, yaha can output all the alignments found for each query.

The -OQC and -FBS modes are specifically tuned to form split read mappings that can be used to accurately identify structural variation events (deletions, duplications, insertions or inversions) between the subject query and the reference genome.

Outros pacotes relacionados a yaha

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

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  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

Download de yaha

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.1.83-3	50.2 kB	137.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.1.83-3	43.0 kB	109.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.1.83-3+b1	40.6 kB	146.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.1.83-3	36.1 kB	92.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.1.83-3	36.2 kB	72.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.1.83-3	43.8 kB	109.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.1.83-3	46.2 kB	116.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.1.83-3	58.0 kB	196.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.1.83-3	43.2 kB	113.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.1.83-3	38.8 kB	104.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.1.83-3	46.3 kB	129.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.1.83-3	48.7 kB	145.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.1.83-3	48.7 kB	145.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.1.83-3+b1	44.3 kB	94.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.1.83-3	41.5 kB	113.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.1.83-3	45.0 kB	93.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.1.83-3	38.1 kB	107.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.1.83-3	42.6 kB	104.0 kB	[lista de arquivos]