Package: yaha (0.1.83-3 and others)

[ Source: yaha  ]

Find split-read-oversættelser på single-end-forespørgsler

Yaha er en fleksibel, sensitiv og præcis DNA-sammenligner designet for single-end-læsninger. Programmet understøtter tre major-tilstande:

 * Standardtilstanden »Optimal Query Coverage« (-OQC) rapporterer
   det bedste sæt af sammenligninger som dækker længden af hver
   forespørgsel
 * Brug af »Filter By Similarity« (-FBS), sammen med det bedste sæt af
   sammenligninger, vil også vise sammenligninger som er meget lig en
   sammenligning i det bedste sæt
 * Endelig kan yaha vise alle sammenligninger fundet for hver
   forespørgsel

-OQC- og -FBS-tilstande er specifikt finjusteret til at forme split- læsningsoversættelser, som kan bruges til præcist at identificere strukturelle variationshændelser (sletninger, duplikeringer, indsættelser eller inversioner) mellem emneforespørgslen og referencegenomet.

Other Packages Related to yaha

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not alpha, arm64, hppa, ia64, ppc64el, riscv64, sh4, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

Download yaha

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.1.83-3	50.2 kB	137.0 kB	[list of files]
amd64	0.1.83-3	43.0 kB	109.0 kB	[list of files]
arm64	0.1.83-3+b1	40.6 kB	146.0 kB	[list of files]
armel	0.1.83-3	36.1 kB	92.0 kB	[list of files]
armhf	0.1.83-3	36.2 kB	72.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.1.83-3	43.8 kB	109.0 kB	[list of files]
i386	0.1.83-3	46.2 kB	116.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.1.83-3	58.0 kB	196.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.1.83-3	38.8 kB	104.0 kB	[list of files]
mips64el	0.1.83-3	46.3 kB	129.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.1.83-3	48.7 kB	145.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.1.83-3	48.7 kB	145.0 kB	[list of files]
riscv64	0.1.83-3+b1	44.3 kB	94.0 kB	[list of files]
s390x	0.1.83-3	41.5 kB	113.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.1.83-3	45.0 kB	93.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.1.83-3	38.1 kB	107.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.1.83-3	42.6 kB	104.0 kB	[list of files]