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TREE-PUZZLE (o novo nome para o PUZZLE) é um programa interativo para console que implementa um algoritmo de procura rápida em árvore, "quartet puzzling", que permite análise de grandes conjuntos de dados e automaticamente atribui estimativas de suporte para cada ramo interno. TREE-PUZZLE oferece um método novo, com mapeamento por estimativa, para investigar o suporte a um ramo interno hipotético sem computar uma árvore completa e visualizar o conteúdo filogenético de um alinhamento de seqüência.

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