Rekonstruktion phylogenetischer Bäume durch »Maximum Likelihood«
TREE-PUZZLE (früher PUZZLE) ist ein interaktives Konsolenprogramm, das
einen schnellen Suchalgorithmus über einen Baum, sogenanntes »Quartet
Puzzling«, implementiert. Es erlaubt die Analyse großer Datenmengen und
trifft automatisch Entscheidungen über die Anordnung der jeweiligen
Verzweigungen. Weiterhin berechnet TREE-PUZZLE mittels der paarweisen
Maximum-Likelihood-Methode Abstände und Längen von Verzweigungen für vom
Benutzer definierte Bäume. Die Längen der Verzweigungen können auch unter
der »Clock-Assumption« berechnet werden. Außerdem bietet TREE-PUZZLE eine
neue Methode, das »Likelihood Mapping«, um die Anordnung einer
hypothetischen internen Verzweigung zu untersuchen, ohne den gesamten
Baum zu berechnen und um den phylogenetischen Zusammenhang eines
Sequenzalignments anzuzeigen.
