Pacote: toppred (1.10-10 e outros)

[ Fonte: toppred  ]

transmembrane topology prediction

Toppred is a program to determine the topology of a transmembrane protein based on G. von Heijne algorithm.

Each sequence from seq data in fasta format is processed, and toppred generate the Hydrophobycity profile of the sequence, and the corresponding hydrophobycities values in the file sequence-ID.hydro.

Furthermore, the predicted topologies are represented as png images. Each topology is stored in file sequence-ID-number.png

The hydrophobicity profile is computed using a window formed by a core rectangular window of size n, flanked by 2 triangular windows of size q. NB rectangular and triangular mean that the ponderation values inside those windows are respectively constant and variable.

This program is a new implementation of the original toppred program, based on G. von Heijne algorithm

Outros pacotes relacionados a toppred

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  biblioteca gráfica GD

• dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1) [loong64, sparc64]

  biblioteca PNG - tempo de execução (versão 1.6)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [loong64, sparc64]

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de toppred

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.10-10	44.3 kB	229.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.10-10	43.4 kB	213.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.10-10+b1	42.2 kB	230.0 kB	[lista de arquivos]
armel	1.10-10	42.8 kB	228.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	1.10-10	40.4 kB	228.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.10-10	42.2 kB	205.0 kB	[lista de arquivos]
i386	1.10-10	44.2 kB	212.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.10-10	50.5 kB	251.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.10-10	42.8 kB	214.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	1.10-10	41.7 kB	212.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.10-10	42.9 kB	232.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.10-10	45.3 kB	229.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.10-10	45.7 kB	229.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.10-10+b1	43.4 kB	206.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.10-10	41.4 kB	208.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	1.10-10	45.1 kB	228.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.10-10	41.1 kB	1,190.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.10-10	43.4 kB	208.0 kB	[lista de arquivos]