パッケージ: toppred (1.10-10 など)
transmembrane topology prediction
Toppred is a program to determine the topology of a transmembrane protein based on G. von Heijne algorithm.
Each sequence from seq data in fasta format is processed, and toppred generate the Hydrophobycity profile of the sequence, and the corresponding hydrophobycities values in the file sequence-ID.hydro.
Furthermore, the predicted topologies are represented as png images. Each topology is stored in file sequence-ID-number.png
The hydrophobicity profile is computed using a window formed by a core rectangular window of size n, flanked by 2 triangular windows of size q. NB rectangular and triangular mean that the ponderation values inside those windows are respectively constant and variable.
This program is a new implementation of the original toppred program, based on G. von Heijne algorithm
その他の toppred 関連パッケージ
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64, loong64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.36) [loong64, sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)
- GD グラフィックライブラリ
-
- dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1) [loong64, sparc64]
- PNG ライブラリ - ランタイム (バージョン 1.6)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [loong64, sparc64]
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
toppred のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 1.10-10 | 44.3 kB | 229.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 1.10-10 | 43.4 kB | 213.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.10-10+b1 | 42.2 kB | 230.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 1.10-10 | 42.8 kB | 228.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 1.10-10 | 40.4 kB | 228.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 1.10-10 | 42.2 kB | 205.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 1.10-10 | 44.2 kB | 212.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 1.10-10 | 50.5 kB | 251.0 kB | [ファイル一覧] |
| loong64 (非公式の移植版) | 1.10-10 | 42.8 kB | 214.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 1.10-10 | 41.7 kB | 212.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1.10-10 | 42.9 kB | 232.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 1.10-10 | 45.3 kB | 229.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.10-10 | 45.7 kB | 229.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1.10-10+b1 | 43.4 kB | 206.0 kB | [ファイル一覧] |
| s390x | 1.10-10 | 41.4 kB | 208.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 1.10-10 | 45.1 kB | 228.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 1.10-10 | 41.1 kB | 1,190.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 1.10-10 | 43.4 kB | 208.0 kB | [ファイル一覧] |