Pacote: sga (0.10.15-4) [debports]

[ Fonte:  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Outros pacotes relacionados a sga

• dep: libbamtools2.5.1

  Pacote não disponível

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4)

  Pacote não disponível

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python

  Pacote não disponível

• dep: python-pysam

  Pacote não disponível

• dep: python-ruffus

  Pacote não disponível

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: abyss (>= 2.0.2-1)

  montador sequencial, paralelo, de novo para leituras curtas

Download de sga

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
sh4 (porte não oficial)	1,052.2 kB	2,782.0 kB	[lista de arquivos]