Paket: sga (0.10.15-4) [debports]

[ Källkod:  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Andra paket besläktade med sga

• dep: libbamtools2.5.1

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4)

  Paketet inte tillgängligt

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: python

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python-pysam

  Paketet inte tillgängligt

• dep: python-ruffus

  Paketet inte tillgängligt

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

• rec: abyss (>= 2.0.2-1)

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Hämta sga

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
sh4 (inofficiell anpassning)	1.052,2 kbyte	2.782,0 kbyte	[filförteckning]