Pacote: quicktree (2.5-6 e outros)

[ Fonte: quicktree  ]

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies

QuickTree is an efficient implementation of the Neighbor-Joining algorithm (PMID: 3447015), capable of reconstructing phylogenies from huge alignments in time less than the age of the universe.

QuickTree accepts both distance matrix and multiple-sequence-aligment inputs. The former should be in PHYLIP format. The latter should be in Stockholm format, which is the native alignment format for the Pfam database. Alignments in various formats can be converted to Stockholm format with the sreformat program, which is part of the HMMer package (hmmer.org).

The tress are written to stdout, in the Newick/New-Hampshire format use by PHYLIP and many other programs

Outros pacotes relacionados a quicktree

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• sug: hmmer

  perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína

  ou hmmer2

  perfis "hidden Markov models" para análise de seqüência de proteína

Download de quicktree

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.5-6	21.4 kB	85.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.5-6	21.1 kB	57.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.5-6+b1	20.2 kB	85.0 kB	[lista de arquivos]
armel	2.5-6	20.1 kB	56.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	2.5-6	17.8 kB	44.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.5-6	19.8 kB	52.0 kB	[lista de arquivos]
i386	2.5-6	21.8 kB	60.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.5-6	26.1 kB	93.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.5-6	20.4 kB	69.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.5-6	18.0 kB	52.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.5-6	21.5 kB	87.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.5-6	23.6 kB	85.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.5-6	23.8 kB	85.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.5-6+b1	21.6 kB	53.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	2.5-6	21.2 kB	60.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	2.5-6	21.3 kB	84.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.5-6	18.3 kB	1,046.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.5-6	21.1 kB	56.0 kB	[lista de arquivos]