Pakiet: quicktree (2.5-6 i inne)

[ Pakiet źródłowy: quicktree  ]

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies

QuickTree is an efficient implementation of the Neighbor-Joining algorithm (PMID: 3447015), capable of reconstructing phylogenies from huge alignments in time less than the age of the universe.

QuickTree accepts both distance matrix and multiple-sequence-aligment inputs. The former should be in PHYLIP format. The latter should be in Stockholm format, which is the native alignment format for the Pfam database. Alignments in various formats can be converted to Stockholm format with the sreformat program, which is part of the HMMer package (hmmer.org).

The tress are written to stdout, in the Newick/New-Hampshire format use by PHYLIP and many other programs

Inne pakiety związane z quicktree

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• sug: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

  lub hmmer2

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

Pobieranie quicktree

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.5-6	21,4 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.5-6	21,1 KiB	57,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.5-6+b1	20,2 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
armel	2.5-6	20,1 KiB	56,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.5-6	17,8 KiB	44,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.5-6	19,8 KiB	52,0 KiB	[lista plików]
i386	2.5-6	21,8 KiB	60,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.5-6	26,1 KiB	93,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.5-6	18,0 KiB	52,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.5-6	21,5 KiB	87,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.5-6	23,6 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.5-6	23,8 KiB	85,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.5-6+b1	21,6 KiB	53,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.5-6	21,2 KiB	60,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.5-6	21,3 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.5-6	18,3 KiB	1 046,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.5-6	21,1 KiB	56,0 KiB	[lista plików]