Pacote: gubbins (3.4-2 e outros)

[ Fonte: gubbins  ]

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Outros pacotes relacionados a gubbins

• dep: fasttree [não amd64, i386]

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [m68k, ppc64]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, i386]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-multiprocess [amd64, i386]

  better multiprocessing and multithreading in Python

• dep: python3-nose [não amd64, i386]

  Pacote não disponível

• dep: python3-numpy [amd64, i386]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pkg-resources [amd64, i386]

  pacote de descoberta e acesso a recursos utilizando o pkg_resources

• dep: python3-reportlab [não amd64, i386]

  biblioteca ReportLab para criar documentos PDF usando Python3

• dep: python3-scipy [amd64, i386]

  ferramentas científicas para Python 3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• rec: iqtree

  efficient phylogenetic software by maximum likelihood

• sug: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

Download de gubbins

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.3.5-1	53.5 kB	201.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	3.4-2	93.0 kB	483.0 kB	[lista de arquivos]
i386	3.4-2	93.7 kB	486.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	2.3.5-1	46.0 kB	174.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.3.5-1	55.4 kB	312.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64 (porte não oficial)	2.3.5-1	48.1 kB	168.0 kB	[lista de arquivos]