Pacote: bandage (0.9.0-2 e outros)

[ Fonte: bandage  ]

Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

Bandage is a GUI program that allows users to interact with the assembly graphs made by de novo assemblers such as Velvet, SPAdes, MEGAHIT and others.

De novo assembly graphs contain not only assembled contigs but also the connections between those contigs, which were previously not easily accessible. Bandage visualises assembly graphs, with connections, using graph layout algorithms. Nodes in the drawn graph, which represent contigs, can be automatically labelled with their ID, length or depth. Users can interact with the graph by moving, labelling and colouring nodes. Sequence information can also be extracted directly from the graph viewer. By displaying connections between contigs, Bandage opens up new possibilities for analysing and improving de novo assemblies that are not possible by looking at contigs alone.

More information and download links are on the Bandage website: rrwick.github.io/Bandage

The package is relevant to the field of genome assembly.

Etiquetas: Kit de ferramentas de interface: Qt

Outros pacotes relacionados a bandage

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [não arm64, hppa, ia64, loong64, m68k, mips64el, riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, loong64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgl1 [sparc64]

  biblioteca de despacho GL independente de fornecedor(a) - - suporte legado GL

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 core module

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.8.0)

  Qt 5 GUI module

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.8.0)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 SVG module

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 widgets module

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

Download de bandage

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	914.8 kB	2,722.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	0.9.0-2+b1	964.0 kB	2,328.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	0.9.0-2+b2	902.9 kB	2,338.0 kB	[lista de arquivos]
armel	0.9.0-2+b1	874.9 kB	2,109.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	0.9.0-2+b1	876.7 kB	1,677.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	956.9 kB	2,511.0 kB	[lista de arquivos]
i386	0.9.0-2+b1	993.9 kB	2,336.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	1,035.7 kB	4,198.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	887.3 kB	2,274.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	942.8 kB	2,340.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	0.9.0-2+b1	904.4 kB	2,896.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	944.9 kB	2,923.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	0.9.0-2+b1	952.1 kB	2,719.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	0.9.0-2+b3	964.2 kB	1,968.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	0.9.0-2+b1	953.2 kB	2,395.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	1,089.7 kB	2,334.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	838.8 kB	3,122.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	0.9.0-2+b1	959.3 kB	2,215.0 kB	[lista de arquivos]