Pacote: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ Fonte: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Outros pacotes relacionados a pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [não armhf]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  biblioteca de execução Python compartilhada (versão 2.7)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: python

  linguagem interativa de alto nível orientada a objetos (versão Python2)

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  Python numérico adiciona uma funcionalidade de array rápida na linguagem Python

• sug: apbs

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver (resolvedor adaptativo de Poisson Boltzmann)

• enh: autodocktools

  Pacote não disponível

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Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	376.3 kB	2,890.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	367.4 kB	2,885.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	359.7 kB	2,705.0 kB	[lista de arquivos]
i386	382.7 kB	2,842.0 kB	[lista de arquivos]