Пакунок: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ Source: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Інші пакунки пов'язані з pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  Колективна виконавча Python-бібліотека (версії 2.7)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  Швидкі методи для роботи з числовими масивами (модуль для Python)

• sug: apbs

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

• enh: autodocktools

  Пакунок недоступний

Завантажити pdb2pqr

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	376.3 kB	2,890.0 kB	[список файлів]
arm64	367.4 kB	2,885.0 kB	[список файлів]
armhf	359.7 kB	2,705.0 kB	[список файлів]
i386	382.7 kB	2,842.0 kB	[список файлів]