Balík: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ Zdroj: pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.1.3) [i386]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  zdieľaná dynamická knižnica Pythonu (verzia 2.7)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python

  interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)

• dep: python-networkx

  nástroj na tvorbu, manipuláciu a študovanie komplexných sietí

• dep: python-numpy

  Numerical Python pridáva schopnosti rýchlych polí do jazyka Python

• sug: apbs

  Adaptive Poisson Boltzmann Solver

• enh: autodocktools

  Balík nie je dostupný

Stiahnuť pdb2pqr

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	376.3 kB	2,890.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	367.4 kB	2,885.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	359.7 kB	2,705.0 kB	[zoznam súborov]
i386	382.7 kB	2,842.0 kB	[zoznam súborov]