Pacote: bowtie2 (2.4.2-2 e outros)

[ Fonte: bowtie2  ]

ultrafast memory-efficient short read aligner

is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1,000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes.

Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes

Etiquetas: Biologia: Ácidos nucleicos, Campo: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface de usuário(a): Linha de comando, Função: role::program, use::comparing, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não amd64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libtbb2 (>= 2017~U7) [amd64]

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: perl

  Linguagem de extração e relatórios prática de Larry Wall

• dep: python3

  linguagem orientada a objetos de alto nível e interativa (versão padrão da python3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: bowtie2-examples

  Examples for bowtie2

Download de bowtie2

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Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	2.4.2-2+b3	1,310.9 kB	5,305.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.4.2-2+b3	1,234.3 kB	4,591.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.4.2-2+b2	1,294.0 kB	5,573.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.4.2-2+b3	1,386.5 kB	5,563.0 kB	[lista de arquivos]