alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos
O MUMmer é um sistema para rapidamente alinhar genomas inteiros, seja
na forma completa ou rascunho ("draft"). Por exemplo, o MUMmer 3.0 pode
encontrar todos os pares de base 20 ("20-basepair") ou combinações mais
longas entre um par de 5-megabase de genomas em 13,7 segundos, usando
78 MB de memória, em uma estação de trabalho Linux 2.4 GHz. O MUMmer
também pode alinhas genomas incompletos; ele lida com 100s ou 1000s de
"contigs" a partir de um projeto de seqüenciamento "shotgun" com
facilidade, e os alinhará para outro conjunto de "contigs" ou um genoma
usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se a espécie for muito
divergente do alinhamento da seqüência de DNA para detectar similaridade,
então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados em até
transições de seis-quadros ("six-frame") de ambas as seqüências de
entrada.
