all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: mummer  ]

Package: mummer (3.23+dfsg-7)

Links for mummer

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package mummer:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Effektiv sekvensjustering for hele genomer

MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«- sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af »contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to mummer

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download mummer

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
armel 617.5 kB3,092.0 kB [list of files]