Pakiet: ugene (51.0+dfsg-2)

[ Pakiet źródłowy: ugene  ]

integrated bioinformatics toolkit

Unipro UGENE is a cross-platform visual environment for DNA and protein sequence analysis. UGENE integrates the most important bioinformatics computational algorithms and provides an easy-to-use GUI for performing complex analysis of the genomic data. One of the main features of UGENE is a designer for custom bioinformatics workflows.

Inne pakiety związane z ugene

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgl1

  Biblioteka przesyłowa GL niezależna od dostawcy - obsługa starszej wersji GL

• dep: libglu1-mesa

  Mesa OpenGL utility library (GLU)

  lub libglu1

  pakiet wirtualny udostępniany przez libglu1-mesa

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 core module

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI module

  lub libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5network5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 network module

• dep: libqt5networkauth5 (>= 5.11.2)

  online account access for Qt apps - Library

• dep: libqt5printsupport5t64 (>= 5.0.2)

  Qt 5 print support module

• dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 script module

• dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 script tools module

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 SVG module

• dep: libqt5test5t64 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 test module

• dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)

  Qt 5 Web Sockets module

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  Qt 5 widgets module

• dep: libqt5xml5t64 (>= 5.1.0)

  Qt 5 XML module

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)

  Biblioteka współdzielona SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libx11-6

  Biblioteka X11 po stronie klienta

• dep: libxtst6

  X11 Testing -- biblioteka rozszerzeń rekordów

• dep: ugene-data

  required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: bedtools

  suite of utilities for comparing genomic features

• rec: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clark

  Pakiet niedostępny

• rec: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• rec: cutadapt

  Czyszczenie sekwencji biologicznych z odczytów sekwencjonowania o dużej przepustowości

• rec: default-jre-headless

  Standardowe lub kompatybilne środowisko uruchomieniowe Javy (typu headless)

• rec: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• rec: hmmer2

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• rec: kalign

  Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: macs

  Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

• rec: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• rec: metaphlan2

  pakiet wirtualny udostępniany przez metaphlan

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: r-base

  System GNU R do obliczeń statystycznych i prezentacji danych w formie graficznej

• rec: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

• rec: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• rec: t-coffee

  Wielosekwencyjne wyrównanie

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

• rec: vcftools

  Zbiór narzędzi do pracy z plikami VCF

• rec: wevote

  Pakiet niedostępny

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Pobieranie ugene

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	22 465,0 KiB	86 956,0 KiB	[lista plików]
arm64	20 126,2 KiB	88 511,0 KiB	[lista plików]
mips64el	17 605,3 KiB	105 632,0 KiB	[lista plików]