Pakiet: ncbi-epcr (2.3.12-1-10 i inne)

[ Pakiet źródłowy: epcr  ]

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.

The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontiguous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.

The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.

This program is retired upstream and it is suggested to use Primer-Blast

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

instead.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::checking, use::searching, Obsługa formatu: Czysty tekst, Działa z: Wymaga dodatkowego znacznika

Inne pakiety związane z ncbi-epcr

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nie amd64, armel, armhf, s390x]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• sug: bioperl

  Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

Pobieranie ncbi-epcr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.3.12-1-10	169,5 KiB	518,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.3.12-1-10+b1	157,5 KiB	627,0 KiB	[lista plików]
armel	2.3.12-1-10	148,0 KiB	434,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.3.12-1-10	149,4 KiB	350,0 KiB	[lista plików]
i386	2.3.12-1-10	174,4 KiB	526,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.3.12-1-10	162,9 KiB	718,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.3.12-1-10	169,6 KiB	690,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.3.12-1-10	164,6 KiB	422,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.3.12-1-10	167,6 KiB	542,0 KiB	[lista plików]