パッケージ: ncbi-epcr (2.3.12-1-10)
ncbi-epcr に関するリンク
Debian の資源:
epcr ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Steffen Moeller (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Charles Plessy (QA ページ)
- Étienne Mollier (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [www.ncbi.nlm.nih.gov]
類似のパッケージ:
Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.
The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontiguous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.
The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.
This program is retired upstream and it is suggested to use Primer-Blast
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/instead.
その他の ncbi-epcr 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [amd64, armel, armhf, s390x 以外]
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- sug: bioperl
- Perl tools for computational molecular biology
ncbi-epcr のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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amd64 | 169.5 kB | 518.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 156.4 kB | 626.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 148.0 kB | 434.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 149.4 kB | 350.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 174.4 kB | 526.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 162.9 kB | 718.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 169.6 kB | 690.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 164.6 kB | 422.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 167.6 kB | 542.0 kB | [ファイル一覧] |