Pakiet: sourmash (4.8.14-3)

[ Pakiet źródłowy: sourmash  ]

tools for comparing DNA sequences with MinHash sketches

Compute MinHash signatures for nucleotide (DNA/RNA) and protein sequences.

MinHash sketches provide a lightweight way to store “signatures” of large DNA or RNA sequence collections, and then compare or search them using a Jaccard index. MinHash sketches can be used to identify samples, find similar samples, identify data sets with shared sequences, and build phylogenetic trees (Ondov et al. 2015).

sourmash provides a command line script, a Python library, and a CPython module for MinHash sketches.

These tools provide functionality previously handled by the 'khmer' package.

Inne pakiety związane z sourmash

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: librocksdb9.10 (>= 9.10.0)

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-bitstring

  Python module for manipulation of binary data (Python 3)

• dep: python3-cachetools

  extensible memoizing collections and decorators for Python 3

• dep: python3-cffi-backend-api-max (>= 9729)

  Pakiet niedostępny

• dep: python3-cffi-backend-api-min (<= 9729)

  Pakiet niedostępny

• dep: python3-deprecation

  Library to handle automated deprecations

• dep: python3-matplotlib

  System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-scipy

  Narzędzia naukowe dla Pythona 3

• dep: python3-screed

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

Pobieranie sourmash

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
mips64el	697,4 KiB	2 986,0 KiB	[lista plików]