Paquet : sourmash (4.8.14-3)

[ Paquet source : sourmash  ]

tools for comparing DNA sequences with MinHash sketches

Compute MinHash signatures for nucleotide (DNA/RNA) and protein sequences.

MinHash sketches provide a lightweight way to store “signatures” of large DNA or RNA sequence collections, and then compare or search them using a Jaccard index. MinHash sketches can be used to identify samples, find similar samples, identify data sets with shared sequences, and build phylogenetic trees (Ondov et al. 2015).

sourmash provides a command line script, a Python library, and a CPython module for MinHash sketches.

These tools provide functionality previously handled by the 'khmer' package.

Autres paquets associés à sourmash

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: librocksdb9.10 (>= 9.10.0)

  persistent Key-Value Store for Flash and RAM Storage

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-bitstring

  Python module for manipulation of binary data (Python 3)

• dep: python3-cachetools

  extensible memoizing collections and decorators for Python 3

• dep: python3-cffi-backend-api-max (>= 9729)

  Paquet indisponible

• dep: python3-cffi-backend-api-min (<= 9729)

  Paquet indisponible

• dep: python3-deprecation

  Library to handle automated deprecations

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-screed

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

Télécharger sourmash

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mips64el	697,4 ko	2 986,0 ko	[liste des fichiers]