Pakiet: canu (2.2+dfsg-5) [debports]

[ Pakiet źródłowy:  ]

single molecule sequence assembler for genomes

Canu is a fork of the Celera Assembler, designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RS II or Oxford Nanopore MinION).

Canu is a hierarchical assembly pipeline which runs in four steps:

 * Detect overlaps in high-noise sequences using MHAP
 * Generate corrected sequence consensus
 * Trim corrected sequences
 * Assemble trimmed corrected sequences

Inne pakiety związane z canu

• dep: gnuplot-nox

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń - bez serwera X
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-qt, gnuplot-x11

  lub gnuplot

  Interaktywny program do tworzenia wykresów, sterowany z wiersza poleceń
  również pakiet wirtualny udostępniany przez gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)

  Biblioteka do szybkiej kompresji i dekompresji

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

Pobieranie canu

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ia64 (port nieoficjalny)	1 553,6 KiB	23 779,0 KiB	[lista plików]