パッケージ: canu (2.2+dfsg-5) [debports]

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一分子シークエンスゲノムアセンブラ

Canu は Celera Assembler のフォークで、（PacBio RS II や Oxford Nanopore MinION などの) 高ノイズ一分子シークエンシング向けに設計されています。

Canu は4つのステップで走る階層的アセンブリパイプラインです:

 * MHAP を用いた高ノイズシークエンスにおける重なり検知
 * 訂正一致シークエンスの生成
 * 訂正シークエンスのトリム
 * トリム済み訂正シークエンスのアセンブル

その他の canu 関連パッケージ

• dep: gnuplot-nox

  Command-line driven interactive plotting program. No-X package
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-qt, gnuplot-x11

  または gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  Module to obtain filesystem disk space information

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)

  fast compression/decompression library

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• sug: nanopolish

  consensus caller for nanopore sequencing data

canu のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
ia64 (非公式の移植版)	1,553.6 kB	23,779.0 kB	[ファイル一覧]