Pakiet: libbio-samtools-perl (1.43-2)

[ Pakiet źródłowy: libbio-samtools-perl  ]

Perl interface to SamTools library for DNA sequencing

Bio::SamTools provides a Perl interface to the libbam library for indexed and unindexed SAM/BAM sequence alignment databases. It provides support for retrieving information on individual alignments, read pairs, and alignment coverage information across large regions. It also provides callback functionality for calling SNPs and performing other base-by-base functions. Most operations are compatible with the BioPerl Bio::SeqFeatureI interface, allowing BAM files to be used as a backend to the GBrowse genome browser application.

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Perl, Biblioteki, Zaimplementowane w: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rola: Biblioteka deweloperska, Biblioteka współdzielona

Inne pakiety związane z libbio-samtools-perl

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl core perl modules

• dep: libc6 (>= 2.15)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: perl (>= 5.28.1-4)

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: perlapi-5.28.1

  pakiet wirtualny udostępniany przez perl-base

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• enh: gbrowse

  GMOD Generic Genome Browser

• enh: samtools

  Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie libbio-samtools-perl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
i386	205,2 KiB	688,0 KiB	[lista plików]