Pakiet: vg (1.30.0+ds-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: vg  ]

tools for working with genome variation graphs

variation graph data structures, interchange formats, alignment, genotyping, and variant calling methods

Variation graphs provide a succinct encoding of the sequences of many genomes. A variation graph (in particular as implemented in vg) is composed of:

 - nodes, which are labeled by sequences and ids
 - edges, which connect two nodes via either of their respective ends
 - paths, describe genomes, sequence alignments, and annotations (such as gene
  models and transcripts) as walks through nodes connected by edges

This model is similar to a number of sequence graphs that have been used in assembly and multiple sequence alignment. Paths provide coordinate systems relative to genomes encoded in the graph, allowing stable mappings to be produced even if the structure of the graph is changed.

Inne pakiety związane z vg

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  Biblioteka wsparcia zapewniająca wbudowane funkcje __atomic

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo - biblioteka do dwuwymiarowej grafiki wektorowej

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libdw1 (>= 0.126) [amd64]

  Biblioteka zapewniająca dostęp do informacji debugowania DWARF

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjansson4 (>= 2.2)

  Biblioteka jęz. C do kodowania, dekodowania i zarządzania danymi JSON

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  general-purpose scalable concurrent malloc(3) implementation

• dep: libraptor2-0 (>= 2.0.14)

  Raptor 2 RDF syntax library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib1 (>= 1.0.2+dfsg)

  C++ library for parsing and manipulating VCF files

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie vg

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1.30.0+ds-1+b1	47 834,9 KiB	175 874,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.30.0+ds-1+b1	6 338,0 KiB	33 290,0 KiB	[lista plików]