Pakiet: physamp (1.1.0-2)

[ Pakiet źródłowy: physamp  ]

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

The PhySamp package currently contains two programs: bppphysamp, which samples sequences according to their similarity, and bppalnoptim, which samples a sequence alignment by removing sequences in order to maximize the number of sites suitable for a given analysis. The bppalnoptim program has three running modes:

 * Interactive: the user will be iteratively proposed a set of choices
   for sequence removal, with their corresponding site gains. The
   procedure stops when the user does not want to remove more sequences,
   and the resulting filtered alignment is written.
 * Automatic: the user enters an a priori criterion for stopping
   the filtering procedure (for instance a minimum number of
   sequences to keep).
 * Diagnostic: this mode allows one to plot the trade-off curve, by
   showing the site gain as a function of the number of removed
   sequences.

Inne pakiety związane z physamp

• dep: libbpp-core4 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl12 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq12 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]

Pobieranie physamp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	182,9 KiB	1 778,0 KiB	[lista plików]
arm64	175,2 KiB	1 766,0 KiB	[lista plików]
armel	169,9 KiB	1 716,0 KiB	[lista plików]
armhf	170,8 KiB	1 660,0 KiB	[lista plików]
i386	188,5 KiB	1 764,0 KiB	[lista plików]
mips64el	178,3 KiB	1 832,0 KiB	[lista plików]
mipsel	178,5 KiB	1 808,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	186,2 KiB	1 890,0 KiB	[lista plików]
s390x	174,6 KiB	1 782,0 KiB	[lista plików]