Pakiet: sra-toolkit (3.0.3+dfsg-6~deb12u1)

[ Pakiet źródłowy: sra-sdk  ]

Narzędzia do Sequence Read Archive z NCBI

Narzędzia do odczytywania archiwum SRA, zazwyczaj poprzez konwersję poszczególnych przebiegów do niektórych powszechnie używanych formatów, takich jak fastq.

Narzędzia do tekstowych zrzutów: sra-dump i vdb-dump zostały zamieszczone w tym wydaniu jako pomoc w kontroli wizualnej. Jest prawdopodobne, że efektywne formatowanie ich danych wyjściowych zostanie zmienione w najbliższej przyszłości do bardziej restrykcyjnych i sformalizowanych reprezentacji. PROSIMY NIE POLEGAĆ NA FORMACIE WYJŚCIOWYM POSTRZEGANYM W TYM WYDANIU.

Inne narzędzia dystrybuowane w tym pakiecie to:

 abi-dump, abi-load,
 align-info,
 bam-load,
 cache-mgr,
 cg-load,
 copycat,
 fasterq-dump,
 fastq-dump, fastq-load,
 helicos-load,
 illumina-dump, illumina-load,
 kar,
 kdbmeta,
 latf-load,
 pacbio-load,
 prefetch,
 rcexplain,
 remote-fuser,
 sff-dump, sff-load,
 sra-pileup, sra-sort, sra-stat, srapath,
 srf-load,
 test-sra,
 vdb-config, vdb-copy, vdb-decrypt, vdb-encrypt, vdb-get, vdb-lock,
 vdb-passwd, vdb-unlock i vdb-validate.

Informacje związane z opcją "help" zostaną ulepszone w wydaniach, które pojawią się w niedalekiej przyszłości, a opcje narzędzi zostaną znormalizowane w całym zestawie. Dodatkowa dokumentacja znajduje się również na stronie NCBI.

Opcje narzędzi mogą ulec zmianie w następnym wydaniu. W miarę możliwości opcje narzędzi z 1 wydania będą nadal obsługiwane, aby zachować możliwość funkcjonowania istniejących skryptów.

Inne pakiety związane z sra-toolkit

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libmagic1 (>= 5.12)

  Rozpoznawanie typu danych w pliku za pomocą "magicznych" liczb - biblioteka

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.0.2+dfsg)

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libncbi-wvdb3 (>= 3.0.2+dfsg)

  virtual layer update module of ncbi-vdb library

• dep: libre2-9 (>= 20201101+dfsg)

  efficient, principled regular expression library

• dep: libssl3 (>= 3.0.0)

  Zestaw narzędzi Secure Sockets Layer - biblioteki współdzielone

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  Biblioteka GNOME XML

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.2)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: med-config

  Debian Med general config package

Pobieranie sra-toolkit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	6 597,4 KiB	17 192,0 KiB	[lista plików]
arm64	6 388,5 KiB	18 674,0 KiB	[lista plików]