Paket: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7)

[ Quellcode: lumpy-sv  ]

general probabilistic framework for structural variant discovery

LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.

Andere Pakete mit Bezug zu lumpy-sv

• dep: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  Schnelle Array-Einrichtung für die Sprache Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

lumpy-sv herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	190,7 kB	656,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	167,2 kB	676,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	160,7 kB	674,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	166,9 kB	546,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	209,3 kB	706,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	174,2 kB	777,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	182,5 kB	767,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	191,6 kB	804,0 kB	[Liste der Dateien]