wszystkie opcje
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Pakiet źródłowy: libfastahack  ]

Pakiet: fastahack (1.0.0+dfsg-10)

Odnośniki dla fastahack

Screenshot

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego libfastahack:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

Narzędzie do indeksowania i wyodrębniania sekwencji z plików FASTA

Fastahack to mały program do indeksowania oraz wyodrębniania sekwencji i podsekwencji z plików FASTA. Dołączona biblioteka Fasta.cpp dostarcza czytnik i indeksator FASTA, nadający się do osadzania w aplikacjach, które mogą skorzystać na bezpośrednim odczytywaniu podsekwencji z plików FASTA. Biblioteka ta automatycznie obsługuje generowanie i używanie plików indeksowych.

Właściwości:

 * generowanie indeksu FASTA (.fai) dla plików FASTA;
 * ekstrakcja sekwencji;
 * ekstrakcja podsekwencji;
 * statystyka sekwencji (obecnie dostępna jest tylko entropia).

Ekstrakcja sekwencji i podsekwencji wykorzystuje fseek64, aby zapewnić najszybszą możliwą ekstrakcję bez operacji ładowania plików intensywnie obciążających pamięć RAM. Z tego powodu fasthack jest użytecznym narzędziem dla bioinformatyków, którzy potrzebują szybko wyodrębnić wiele podsekwencji z referencyjnej sekwencji FASTA.

Inne pakiety związane z fastahack

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • enhances

Pobieranie fastahack

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
i386 12,7 KiB43,0 KiB [lista plików]