Package: samtools (1.20-3)

[ Source: samtools  ]

SAM, BAM, CRAM 형식에서 시퀀스 정렬 처리

Samtools는 바이너리 BAM 형식으로 뉴클레오티드 시퀀스 정렬을 조작하는 유틸리티 세트입니다. ascii SAM (Sequence Alignment/Map) 및 CRAM 형식으로 가져오기 및 내보내기를 수행하고, 정렬, 병합, 인덱싱을 수행하며 모든 영역의 읽기를 신속하게 검색할 수 있습니다. 스트림상에서 작동하도록 설계되었으며 원격 FTP 또는 HTTP 서버에서 BAM 또는 CRAM (SAM 아님) 파일을 열 수 있습니다.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C 라이브러리: 공유 라이브러리
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  터미널 처리 공유 라이브러리

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  터미널 조작을 위한 저수준의 terminfo 공유 라이브러리

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  압축 라이브러리 - 런타임

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

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