パッケージ: samtools (1.20-3)

[ ソース: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の samtools 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  端末処理用共有ライブラリ

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

samtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
s390x	643.8 kB	1,485.0 kB	[ファイル一覧]