パッケージ: r-bioc-shortread (1.62.0-1)

[ ソース: r-bioc-shortread  ]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

This BioConductor module is a package for input, quality assessment, manipulation and output of high-throughput sequencing data. ShortRead is provided in the R and Bioconductor environments, allowing ready access to additional facilities for advanced statistical analysis, data transformation, visualization and integration with diverse genomic resources.

その他の r-bioc-shortread 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [mips64el, s390x]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: r-api-4.0

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-pwalign (>= 1.0.0-2~0exp1)

  Perform pairwise sequence alignments

• dep: r-bioc-rhtslib (>= 3.0.0)

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc (>= 1.50.0)

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-hwriter

  HTML Writer - Outputs R objects in HTML format

• dep: r-cran-lattice

  'Trellis' グラフィック用 GNU R パッケージ

• dep: r-cran-latticeextra

  GNU R package of additional graphical displays based on lattice

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)

  GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene)

• sug: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

r-bioc-shortread のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	5,095.4 kB	8,206.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	5,091.8 kB	8,252.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	5,088.5 kB	8,266.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	5,097.7 kB	8,316.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	5,094.1 kB	8,186.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	5,094.2 kB	8,216.0 kB	[ファイル一覧]