パッケージ: quicktree (2.5-6 など)

[ ソース: quicktree  ]

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies

QuickTree is an efficient implementation of the Neighbor-Joining algorithm (PMID: 3447015), capable of reconstructing phylogenies from huge alignments in time less than the age of the universe.

QuickTree accepts both distance matrix and multiple-sequence-aligment inputs. The former should be in PHYLIP format. The latter should be in Stockholm format, which is the native alignment format for the Pfam database. Alignments in various formats can be converted to Stockholm format with the sreformat program, which is part of the HMMer package (hmmer.org).

The tress are written to stdout, in the Newick/New-Hampshire format use by PHYLIP and many other programs

その他の quicktree 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• sug: hmmer

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

  または hmmer2

  タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

quicktree のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2.5-6	21.1 kB	57.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.5-6+b1	20.2 kB	85.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.5-6	20.1 kB	56.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.5-6	17.8 kB	44.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.5-6	21.8 kB	60.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.5-6	21.5 kB	87.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.5-6	23.8 kB	85.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.5-6+b1	21.6 kB	53.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2.5-6	21.2 kB	60.0 kB	[ファイル一覧]