パッケージ: quicktree (2.5-5)

quicktree に関するリンク

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メンテナ:

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ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

Neighbor-Joining algorithm for phylogenies

QuickTree is an efficient implementation of the Neighbor-Joining algorithm (PMID: 3447015), capable of reconstructing phylogenies from huge alignments in time less than the age of the universe.

QuickTree accepts both distance matrix and multiple-sequence-aligment inputs. The former should be in PHYLIP format. The latter should be in Stockholm format, which is the native alignment format for the Pfam database. Alignments in various formats can be converted to Stockholm format with the sreformat program, which is part of the HMMer package (hmmer.org).

The tress are written to stdout, in the Newick/New-Hampshire format use by PHYLIP and many other programs

その他の quicktree 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

sug: hmmer

タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

または hmmer2

タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

quicktree のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	20.5 kB	56.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	19.2 kB	56.0 kB	[ファイル一覧]
armel	19.8 kB	56.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	17.5 kB	44.0 kB	[ファイル一覧]
i386	21.3 kB	60.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	21.1 kB	64.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	20.9 kB	62.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	23.3 kB	85.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	19.7 kB	60.0 kB	[ファイル一覧]